หน่วยศัลยศาสตร์ลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ภาควิชาศัลยศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และฝ่ายศัลยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ มีชื่อเสียงในการรักษาโรคทางด้านลำไส้ใหญ่และทวารหนัก สืบทอดต่อเนื่องกันมาเป็นเวลานาน ตั้งแต่สมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึงปัจจุบัน ศัลยแพทย์ผู้ริเริ่มวางรากฐานของหน่วยงานนี้ คือ ศาสตราจารย์นายแพทย์เฉลี่ย วัชรพุกก์ ซึ่งท่านได้รับการศึกษาทางด้านศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก จาก Cleveland clinic ประเทศสหรัฐอเมริกา แลเป็นบุคคลแรกที่ได้รับรองจากกระทรวงสาธารณสุข ให้เป็นศัลยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ เฉพาะทางด้านลำไส้ใหญ่และทวารหนัก คนแรกของประเทศไทย ท่านเป็นผู้ริเริ่มและบุกเบิกการรักษาโรคทางด้านศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก จนมีชื่อเสียงในระดับประเทศ และนานาชาติ ท่านได้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าหน่วยศัลยกรรมทั่วไปสาย G 1 และหัวหน้าภาควิชาศัลยศาสตร์ ท่านได้ริเริ่มการจัดตั้ง คลินิกผู้ป่วยนอกศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก หรือ Rectal clinic ที่แผนกผู้ป่วยนอก แยกจากการตรวจโรคอื่น ๆ ของศัลยกรรมทั่วไป ซึ่งเป็นการเริ่มต้นการให้บริการตรวจรักษาโรคทางลำไส้ใหญ่และทวารหนักโดยเฉพาะ ทำให้ผู้ป่วยได้เข้าถึงการรักษาจากศัลยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทาง และได้รับการรักษาที่เหมาะสม คลินิกเฉพาะทางศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนักนี้ ยังคงดำเนินการในรูปแบบเดียวกันตลอดมาจนถึงปัจจุบัน โดยในปัจจุบัน คลินิกเฉพาะทางศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ให้บริการตรวจรักษาโรคทางลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ณ อาคารจักรีทศมฯ ชั้น 5 ทุกวันทั้งในเวลาและนอกเวลาราชการ มีผู้ป่วยเข้ารับบริการ มากกว่า 10,000 คน ในแต่ละปี

หน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ได้รับการจัดตั้งขึ้นโดยการวางแผนการจัดตั้งหน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนักของ รองศาสตราจารย์นายแพทย์ บรรเทอง รัชตะปิติ ซึ่งดำรงตำแหน่งเป็นหัวหน้าภาควิชาศัลยศาสตร์ ในขณะนั้น ระหว่างการสัมมนาภาควิชาศัลยศาสตร์ ที่หาดตะวันรอน จังหวัดสัตหีบ โดยเริ่มต้น ให้มีการจัดตั้งหอผู้ป่วยเฉพาะทาง โรคลำไส้ใหญ่และทวารหนักขึ้น ที่ตึกจงกลนี ชั้น 1 ก่อน และเมื่อมีการจัดตั้งหอผู้ป่วยเฉพาะทางนี้ ศัลยแพทย์ทั่วไปทุกท่าน มีสิทธิ์ที่จะบรรจุผู้ป่วยโรคลำไส้ใหญ่และทวารหนักที่อยู่ในการรักษา เข้ารับการรักษาที่หอผู้ป่วยเฉพาะทางศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนักได้ ต่อมาผู้ช่วยศาสตราจารย์นายแพทย์วิศิษฐ์ ฐิตะวัฒน์ ได้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าหน่วยศัลยกรรมทั่วไปสาย G1 สืบทอดจากศาสตราจารย์นายแพทย์เฉลี่ย วัชรพุกก์ และต่อมาได้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาศัลยศาสตร์ และประธานชมรมศัลยแพทย์ลำไส้ใหญ่และทวารหนักในเวลาต่อมา

หลังจากนั้นรองศาสตราจารย์นายแพทย์ยอด สุคนธมาน ซึ่งสำเร็จการศึกษา American Board of Colorectal Surgery จากประเทศสหรัฐอเมริกา ไดัดำรงตำแหน่งหัวหน้าศัลยกรรมทั่วไปสาย G2 และหัวหน้าภาควิชาศัลยศาสตร์ รวมถึงประธานชมรมศัลยแพทย์ลำไส้ใหญ่และทวารหนักในเวลาต่อมา ในสมัยที่ท่านดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาศัลยศาตร์ ท่านได้ริเริ่มให้ยื่นเรื่องขอเปิดการฝึกอบรม แพทย์ประจำบ้านต่อยอด สาขาศัลยศาสตร์ลำไส้ใหญ่และทวารหนัก จากแพทยสภา ในปีพ.ศ. 2537 การขอเปิดการฝึกอบรมนี้ กินเวลานานถึง 7 ปี เพราะแพทยสภาในสมัยนั้น ไม่มีนโยบายให้เปิดการฝึกอบรมแพทย์เฉพาะทางสาขา เพิ่มเติมอีก หลังจากมีการทำหนังสือสอบถามเรื่องการขอเปิดการฝึกอบรมนี้ ไปยังแพทยสภาหลายครั้ง จนเมื่อศาสตราจารย์นายแพทย์ธนิต วัชรพุกก์ ซึ่งดำรงตำแหน่งประธานชมรมศัลยแพทย์ลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ในสมัยต่อมา ได้ทำหนังสือถึงแพทยสภาอีกครั้ง และได้ทำหนังสือถึงราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยเพื่อให้การสนับสนุนในการขอเปิดการฝึกอบรมเฉพาะทาง อีกทางหนึ่ง

ในปี พ.ศ.2544 ศาสตราจารย์นายแพทย์อรุณ เผ่าสวัสดิ์ ซึ่งดำรงตำแหน่งนายกแพทยสภา ได้นำเรื่องขอเปิดฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านต่อยอด สาขาศัลยศาสตร์ลำไส้ใหญ่และทวารหนัก เข้าพิจารณาในวาระการประชุมของคณะกรรมการแพทยสภา และศาสตราจารย์นายแพทย์อรุณ โรจนสกุล เป็นตัวแทนภาควิชาศัลยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เข้าชี้แจงข้อมูลต่อคณะกรรมการแพทยสภา ทำไห้ได้รับอนุมัติ ให้เปิดการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านต่อยอด สาขาศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ขึ้นเป็นครั้งแรก จำนวน 1 ตำแหน่ง โดยสามารถรับศัลยแพทย์ผู้ที่ผ่านการฝึกอบรมศัลยศาสตร์ทั่วไปแล้ว มาศึกษาต่อยอดอีกในหลักสูตรศัลยศาสตร์ลำไส้ใหญ่และทวารหนักเป็นเวลา 1 ปี

ในปี พ.ศ.​2541 ได้มีการจัดตั้งหน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก แยกออกจากหน่วยศัลยกรรมทั่วไป โดยรองศาสตราจารย์นายแพทย์ประพันธ์ กิติสิน ซึ่งดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาศัลยศาสตร์ในขณะนั้น และดำรงตำแหน่งรักษาการหัวหน้าหน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนักเป็นคนแรก และมีอาจารย์ประจำหน่วย 1 ท่านคือ ศาสตราจารย์นายแพทย์อรุณ โรจนสกุล หลังจากนั้น ศาสตราจารย์นายแพทย์อรุณ โรจนสกุล ขึ้นเป็นหัวหน้าหน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ตั้งแต่ปี พ.ศ.2542 จนถึงปี พ.ศ. 2546 หลังจากนั้น รองศาสตราจารย์นายแพทย์จิรวัฒน์ พัฒนะอรุณ ได้รับตำแหน่งหัวหน้าหน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก คนที่สอง ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2546 ถึงปีพ.ศ. 2552 และศาสตราจารย์นายแพทย์ชูชีพ สหกิจรุ่งเรือง รับตำแหน่งหัวหน้าหน่วย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2552 ถึงปีพ.ศ. 2565 ต่อมา ผู้ช่วยศาสตราจารย์นายแพทย์สุภกิจ ขมวิลัย รับตำแหน่งหัวหน้าหน่วย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2565 จนกระทั่งปัจจุบัน

ในปัจจุบันหน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ภาควิชาศัลยศาสตร์ คณะแพทย์ศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และฝ่ายศัลยกรรม โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ มีการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน เพื่อวุฒิบัตรแสดงความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม อนุสาขาศัลยศาสตร์ลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ภาควิชาศัลยศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ที่ได้รับการรับรองจากราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทย และแพทยสภา ปีละ 2 ตำแหน่ง โดยมีระยะเวลาการฝึกอบรม 2 ปี จนถึงปัจจุบัน มีศัลยแพทย์ลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ผ่านการฝึกอบรมไปแล้วทั้งสิ้น 26 รุ่น รวม 62 คน ในวันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2552 หน่วยศัลยกรรมลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ได้เปิดให้บริการห้องส่องกล้อง Surgical Endoscopy เพื่อให้บริการตรวจรักษาผู้ป่วย ผ่านกล้องส่องตรวจลำไส้ใหญ่และทวารหนัก ( Colonoscopy ) โดยมีผู้ช่วยศาสตราจารย์นายแพทย์สุภกิจ ขมวิลัย ดำรงตำแหน่งเป็นหัวหน้าห้องส่องกล้อง Surgical Endoscopy จนถึงปัจจุบัน เมื่อเริ่มเปิดบริการห้องส่องกล้อง Surgical Endoscopy ให้บริการตรวจรักษาผู้ป่วย ณ ห้องผ่าตัดเล็ก (OR Minor) อาคารภปร. ชั้น 5 โดยเริ่มต้นให้บริการส่องกล้อง Colonoscopy ผู้ป่วยวันละ 1 ราย ในเวลา บ่ายโมง หลังจากไม่มีผู้ป่วยใช้บริการของห้องผ่าตัด OR Minor แล้ว และใช้อัตรากำลังเจ้าหน้าที่ที่ให้บริการของห้องผ่าตัด OR Minor ในปีแรกที่เปิดให้บริการ มีผู้เข้ารับบริการ 450 ราย

ด้วยความตั้งใจในการให้บริการ และความมุ่งมั่นในการพัฒนาห้องส่องกล้องทางเดินอาหารที่ได้มาตรฐาน ให้บริการด้วยเครื่องมือที่ทันสมัย และประสบการณ์ในความสำเร็จ ของการทำหัตถการที่ซับซ้อน ทำให้มีผลการรักษาที่ดีเยี่ยม จึงมีผู้เข้ารับบริการ เพิ่มขึ้นมากอย่างรวดเร็ว ทำให้ต้องขยายพื้นที่ให้บริการ และแยกออกจากห้องผ่าตัด OR Minor มาเปิดให้บริการเป็นห้องส่องกล้อง Surgical Endoscopy ณ อาคารนวัตบริบาล ชั้น 3 ตั้งแต่วันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2556 เป็นต้นมา ในปัจจุบัน มีผู้ป่วยเข้ารับบริการ ปีละมากกว่า 6,500 ราย